###################################################
### chunk number 1: 
###################################################
2^7/(2^7-1)
(1-1/2^7)^-1


###################################################
### chunk number 2: 
###################################################
1+0.2
1+0.2+0.2^2/2
1+0.2+0.2^2/2+0.2^3/6
exp(0.2)


###################################################
### chunk number 3: 
###################################################
x=1
1/sqrt(2*pi)*exp(-x^2/2)
dnorm(1)
x=2
1/sqrt(2*pi)*exp(-x^2/2)
dnorm(2)


###################################################
### chunk number 4: 
###################################################
X=read.table("ChlorellaGrowth.txt") 
Light=X[,1]; rmax=X[,2] 
logLight=log(Light)


###################################################
### chunk number 5: 
###################################################
op <- par(cex=1.5,cex.main=0.9)
plot(logLight,rmax,xlab="Log light intensity (uE/m2/s)", ylab="Maximum growth rate rmax (1/d)",pch=16) 
title(main="Data from Fussmann et al. (2000) system")
fit=lm(rmax~logLight)
abline(fit) 
rcoef=round(coef(fit),digits=3)
text(3.7,3.5,paste("rmax=",rcoef[1],"+",rcoef[2],"log(Light)"))
par(op)


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
plot(Light,rmax,xlim=c(0,120),ylim=c(1,4))


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
X=read.table("ChlorellaGrowth.txt") 
Light=X[,1]; rmax=X[,2]
logLight=log(Light)
logrmax = log(rmax)


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
op <- par(mfcol=c(2,1))
plot(Light,rmax,xlab="Light intensity (uE/m2/sa)", ylab="Maximum growth rate rmax (1/d)",pch=16) 
title(main="Data from Fussmann et al. (2000) system")
plot(logLight,logrmax,xlab="Log light intensity", ylab="Log max growth rate",pch=16) 
title(main="Data from Fussmann et al. (2000) system")
par(op)


###################################################
### chunk number 9: 
###################################################
x = 3:8
y=5*x+3


###################################################
### chunk number 10: 
###################################################
op = par(mfrow=c(2,2))
plot(x,y,lty=1,col=1,type="l")
plot(x,y,lty=2,col=2,type="l")
plot(x,y,lty=3,col=3,type="l")
plot(x,y,lty=4,col=4,type="l")
par(op)


###################################################
### chunk number 11: 
###################################################
seq(1,13,by=4)
seq(1,by=4,length=4)
seq(1,5,by=0.2)


###################################################
### chunk number 12: 
###################################################
 z=c(1,3,5,7,9,11)
z[c(2,1,3)]


###################################################
### chunk number 13: 
###################################################
x=1:10
y = (x-1)/(x+1)


###################################################
### chunk number 14: 
###################################################
plot(x,y,type="b")


###################################################
### chunk number 15: 
###################################################
r=0.5
n=10
G = r^(0:n)
sum(G)
1/(1-r)
n=50
sum(r^(0:n))
2-sum(r^(0:n))


###################################################
### chunk number 16: 
###################################################
x = runif(20)
x[x<mean(x)]


###################################################
### chunk number 17: 
###################################################
which(x<mean(x))


###################################################
### chunk number 18: 
###################################################
p = 1:length(x)
p[x<mean(x)]


###################################################
### chunk number 19: 
###################################################
x = 1:40
n = length(x)
x[seq(1,n,by=2)]
x[-seq(2,n,by=2)]


###################################################
### chunk number 20: 
###################################################
v = c(1,2,1,2,1,2,1,2)
X=matrix(v,nrow=2,ncol=4)


###################################################
### chunk number 21: 
###################################################
v = rep(1:2,4)
X=matrix(v,nrow=2,ncol=4)


###################################################
### chunk number 22: 
###################################################
v = rep(1:2,each=4)
X=matrix(v,nrow=2,ncol=4,byrow=TRUE)


###################################################
### chunk number 23: 
###################################################
v = rnorm(35,mean=1,sd=2)
matrix(v,nrow=5,ncol=7)